穗腐病的发生与气候关系密切，也与品种的抗性有关。如果田间玉米果穗被害虫咬食，穗腐病就会更重。为减轻霉菌毒素对人畜的危害，在收玉米时，尽量捡除严重发霉的穗子，或在脱粒时注意去除霉粒。由于穗腐病发生在后期，因此控制方法主要是选种抗性强、果穗苞叶包裹紧的品种。同时要合理密植和施肥、及时收获和晾晒、控制玉米螟等害虫对穗部的危害，以减轻穗腐病的发生。